Auf dem Gebiet der Bildungsgeschichte bis 1918 waren und sind vor allem die folgenden Projekte des ZZBW bzw. von Manfred Heinemann angesiedelt:

• Von 1979 bis 1986 war das ZZBW Mitglied des Sonderforschungsbereichs 119 der Deutschen Forschungsgemeinschaft: „Wissen und Gesellschaft im 19. Jahrhundert“, an der Ruhr-Universität Bochum; in Hannover wurde das Teilprojekt B 2 „Wissensvermittlung im Niederen Schulwesen in Preußen“ durchgeführt.
• 1978 bis 1988 beteiligte sich das ZZBW an dem von der DFG geförderten Forschungsvorhaben „Datenhandbuch zum deutschen Bildungswesen“ mit dem Teilprojekt: „Das Niedere Schulwesen in Preußen“.
• Seit 1992 fiel auch die Fortführung der Edition der sämtlichen Werke und Briefe des preußischen Pädagogen Friedrich Adolph Wilhelm Diesterweg in diesen Bereich des ZZBW, die nun von Sylvia Schütze und Manfred Heinemann am Institut für Erziehungswissenschaft fortgesetzt wird.
• Eine mittlerweile abgeschlossene Dissertation behandelt Fragen zur Entwicklung berufsbildender Schulen in Preußen, Sachsen und Württemberg zwischen 1869 und 1914.
• Eine weitere Arbeit zur Verrechtlichung des Schulwesens im Kaiserreich ist in Vorbereitung.
• Eine Publikation zur Arbeit des preußischen Ministers der geistlichen, Unterrichts- und Medizinalangelegenheiten Adalbert Falk (1872–1879) ist in Arbeit.

Die Hauptarbeit des ZZBW richtete sich auf die Erschließung der Zeitgeschichte von Bildung und Wissenschaft ab 1945, insbesondere auf die Zeit der Besatzung und die Anfänge der Bundesrepublik Deutschland. Seit 1988 wurde unter Beachtung der sowjetischen Perspektive ergänzend zur Hochschul- und Wissenschaftsgeschichte in der Sowjetischen Besatzungszone und der Deutschen Demokratischen Republik gearbeitet. Forschungen zur Wissenschaftsgeschichte der Sowjetunion wie der DDR schlossen sich an.

Auf dem Gebiet der Zeitgeschichte war das ZZBW an folgenden größeren und längerfristigen Forschungsvorhaben beteiligt, von denen einige nun im Rahmen des Instituts für Erziehungswissenschaft und durch private Förderung fortgesetzt werden:

• 1981 bis 1989 förderte die Stiftung Volkswagenwerk das ZZBW-Projekt „Das Hochschulwesen in der Bundesrepublik Deutschland und Berlin (West) 1945–1976“
• 1976 bis 1997 wurden in Verbindung mit dem früheren Archiv in Marienburg (Malbork), Polen (heute in Gdańsk) Daten von ca. 4.000 Patientenakten der ehemaligen Irrenanstalt Konradstein (1900–1945) für eine Langzeitstudie aufbereitet (unveröffentlicht).
• 1976 bis 2006 wurden im ZZBW Altakten der Ständigen Konferenz der Kultusminister (KMK), Bonn, Teilbestand Hochschulausschuss, verzeichnet. Seit 1989 erfolgt die Aufbereitung von ca. 47.000 Stipendiatenakten und ca. 8.000 Sachakten des DAAD für Studien zur Förderungsgeschichte , die auch für die dreibändige Festschrift des DAAD „Spuren in die Zukunft, Der Deutsche Akademische Austauschdienst 1925–2000“  ausgewertet wurden.
• Im Rahmen der Arbeit des ZZBW erschienen wichtige Publikationen zur zentralen Struktur der SMAD in drei Gruppen (politische Abteilungen, ökonomische Abteilungen und Sicherheitsorgane), ein „Who is who“der SMAD (auf zentraler und Provinzebene) und SMAD-Befehle (auf zentraler, Länder- bzw. Provinzebene).
• 1994 bis 1999 wurde in Zusammenarbeit mit Prof. Dr. Dietrich Beyrau (Universität Tübingen, Institut für osteuropäische Geschichte und Landeskunde) das von der Volkswagenstiftung geförderte Vorhaben „Archive in Moskau und St. Petersburg: Förderung der Infrastruktur und der deutsch-russischen Forschungskooperation“ durchgeführt. Durch dieses Vorhaben wurden seit Juli 1994 russischen Archiven Hilfen zur Modernisierung bzw. Erneuerung von Archivtechnik gewährt. Außerdem wurden finanzielle Unterstützungen zur Herstellung neuer bzw. zur Überarbeitung veralteter Findbücher bereitgestellt. Das Projekt war verbunden mit der Lieferung technischer Hilfe und der Betreuung von über 100 Doktoranden und Wissenschaftlern in russischen Archiven.
• 2004 begannen Archivarbeiten mit dem Ziel einer Publikation zum Thema der Wissenschaftskontrolle in der SBZ und der DDR. Hierzu werden u.a. Akten des BStU in Berlin ausgewertet.
• 2012 schlossen sich umfangreiche Archivarbeiten über das Ministerium für Staatssicherheit an. Betreut wurde die Promotion von Rainer Buthmann, veröffentlicht unter dem Titel "Konfliktfall Kosmos. Die politische Geschichte einer Jugendarbeitsgruppe in der DDR" (Köln: Böhlau 2012).
• Die Forschung zur preußischen Geschichte und zur Geschichte der Nachkriegszeit werden fortgesetzt.

Außerdem existierte am ZZBW eine eigene Forschungsstelle EDV. Diese führte in ihrer Archivwerkstatt und in ihrem Digitallabor die archivische Verarbeitung und wissenschaftliche Erschließung von Altaktenbeständen, u.a. der KMK, des DAAD und der HRK, durch. Größter Einzelauftrag: 7.000 Altakten. Archivisch bearbeitete Bestände der KMK und der WRK wurden 2006 bzw. 2009 an das Bundesarchiv abgegeben. Intusvermerkte der erschlossenen Akten sind bis heute über eine Suchmaschine zugreifbar und stehen der wissenschaftlichen Öffentlichkeit auf Anfrage zur Verfügung.

Darüber hinaus veranstaltete das ZZBW einige größere Veranstaltungen zur Zeitgeschichte, bei denen auch Quellenerschließungen mit Methoden der „Oral History“ und Zeitzeugeninterviews stattfanden:

So führte das ZZBW 1992 in Gosen eine von der Volkswagenstiftung geförderte Zeitzeugenkonferenz zur Hochschul- und Kulturgeschichte zwischen 1945 und 1949 in der Sowjetischen Besatzungszone durch sowie 1996 und 1998 in der „Nationalen Akademie der Wissenschaften Leopoldina" in Halle 1996 und 1998 zwei der von der Bundeszentrale für Politische Bildung finanzierte große Tagungen zur Sowjetisierung der Wissenschaft der UdSSR seit der Oktoberrevolution.

2003 bis 2006 koordinierte das ZZBW die Partnerschaften der Universität Hannover mit Mittel- und Osteuropa in Poznań und St. Petersburg und entwickelte Konzepte zur Intensivierung des institutsbezogenen Austauschs auch für naturwissenschaftliche und technische Fachrichtungen. Partnerschaften existierten

• in Poznań mit der Technischen Universität Poznań (PUT), der Adam-Mickiewicz-Universität (AMU), der Akademie für Wirtschaftswissenschaften und der Universität für Landwirtschaft, sowie
• in St. Petersburg mit der Polytechnischen Universität St. Petersburg, der Staatsuniversität St. Petersburg, der Universität für Elektrotechnik St. Petersburg und der Universität für Architektur und Bauwesen St. Petersburg.

Mit Mitteln des DAAD wurden in den Programmen „Go East“  und „Go West“ weit mehr als 50 Stipendiaten und Stipendiatinnen betreut.